Svaki mikroskop je dobar ukoliko raspolažemo objektivom kojim možemo postići uvećanje od 1000 puta; preko 2000 puta nije neophodno.
Međutim, bez mikrometra mikroskopiranje gljiva bilo bi gotovo beskorisno, budući da se razlike između pojedinih vrsta često identifikuju upravo na osnovi veličine merenih elemenata- češće nego na osnovu oblika.
Za kompletnu dijagnozu vrste moramo da imamo sve mikroskopijske podatke, tj. moramo mikroskopirati svaki organ i sve morfološki diferentne delove gljive: kožicu klobuka, kožicu stručka, tramu lamela, odn. cevčica, asce, parafize, hife trame mesa, subhimenijalni sloj, spore, bazidije, cistide, dlačice, sastav opšteg veluma, peridije, glebe, subglebe, kaplicijum, excipulum- sve što na ispitivanom primerku postoji.
Međutim, za determinaciju vrste većinom nisu potrebni svi ovi podaci, nego, prema porodici ili rodu, iskače u prvi plan sad jedan, sad drugi momenat, ponekad dva određena, retko tri ili četiri.
U većini slučajeva ključni momenat pružaju nam spore, ali ima mnogo vrsta koje su po obliku i veličini spora identične. Od dve vrste Agarica spore mogu biti zbunjujuće slične, čak i po rasponu veličina. Russulae je samo na osnovu ornamentacije i veličine spora u mnogim slučajevima nemoguće međusobno razlikovati. Tada dolaze u pomoć drugi mikroelementi, kod Russula npr. cistide. Cistide se kod nekih vrsta, kod kojih nisu kopljaste i ne iskaču, teško razlikuju od nezrelih bazidija. Tu nam pomaže sulfovanilin (SV) koji, bar što se tiče ljutih vrsta, boji cistide u smaragdno ili crnozeleno, tako da dobijamo divan kontrast u odnosu na ružičasto do purpurnocrveno obojene bazidije.
Prema cistidama, imale ih ili ne, dele se lako i sve račvaju na dve velike grupe.
Cistide su upadljive, s veoma debelim opnama, i kod roda šljokara, Hohenbuehelia, a Makrocystidia cucumis dobila je čak i ime zahvaljujući veličini cistida.
Dok se besplodni elementi, raspoređeni između plodnih, kod Basidiomyceta nazivaju cistidama, Kod Ascomyceta se nazivaju parafizama. Prisutnost, odsutnost, oblik i veličina parafiza često imaju veliko taksonomijsko značenje. Kod Ascomyceta odgovor na pitanje o čemu se radi, daju spore, ali u mnogim slučajevima i veličina, odnosno amiloidnost asca. Štaviše, mikroskopski ne možemo razlikovati neke vrste smrčaka međusobno drugačije, nego po formi baze asca- sve se drugo može poklapati. - A kod Discomyceta dijagnostičko značenje ima u velikoj meri tekstura excipuluma.
Često ključni princip za podelu na rodove ili na sekcije unutar jednog roda igra i momenat amiloidnosti: kod Basidiomyceta spora, kod Ascomyceta asca.
Pokrivno stakalce treba dobro (postepeno, sa strane, ne celom površinom odozgo) da se pritisne, da bi se izdvojile bazidije i asce iz mase drugih elemenata, kao i međusobno, toliko da bismo mogli da im vidimo obrise. Kod nekih rodova s epitecijumom (kao npr. kod Agyriuma ili Nesolechiae), koji imaju sloj kojim parafize, kao lepilom slepljene, stvaraju neku vrstu pokrova nad ascima, izdvajanje asca iz tog bloka teško polazi za rukom. I mnoge bazidije čvrsto prianjaju uz blok himenijuma i subhimenijuma. Da bi se jedan ascus vizuelno izdvojio i ocrtao, dovoljan je u većini slučajeva jod; i kod neamiloidnih vrsta, kad se, dakle, asci ne oboje u plavo, jod će im ipak dati drugačiji (sivkasti, žuti ili smeđkasti) ton. I spore kod hialinih vrsta postaju sivkasto tamnije u Melzerovom reagensu.
Za promatranje himenijalnog sloja kod Basidiomyceta obično se koristi blagi (2-5%-tni) rastvor kalijum-hidroksida (KOH), a kod Ascomyceta amonijak (NH3). Naime, kalijeva baza rastvorila bi stijenke asca, dok bi s druge strane amonijak isticao jezgre spora, a ne njihove obrise.
Naravno, najvažniji "reagens" je obična destilovana voda. U njoj su vidljive prirodne boje spora i drugih elemenata, kao i sama obličja spora. Ta obličja često budu zasenjena i gotovo istrta usled prelamanja svetlosti kapljica ( masnoća, odnosno glikogena ),svojstvenih mnogim sporama. I te refraktivne pojave ukloniće najbolje Melzer, a istače ih amonijak.
Kod nekih rodova, recimo kod Dasyscyphusa, teško je od tih blještavih kapljica potvrditi oblike spora unutar asca, pa se čak ne vidi da li su unutar njega jednoredno ili dvoredno raspoređene (da li su uniserijatne ili biserijatne). Zbog toga, kao i da ne bismo veličinu spora utvrđivali na nezrelim uzorcima, treba meriti samo one spore koje su izvan asca. Analogno vredi i za spore Basidiomyceta: veličine se mere samo na sporama koje su se "otkačile" od svojih sterigmi, od bazidija. Jedino za njih pouzdano znamo da su sazrele.
Nezrele primerke treba odmah odložiti na stranu, kako ne bismo sa njima uzalud gubili vreme: na takvima je identifikacija nemoguća, na nezrelim primercima se ne može sa sigurnošću determinirati nijedna vrsta. Međutim, mnogi primerci mogu sazreti i pošto su ubrani, kod kuće. Radi se o tome da li će se pre pokvariti ili sazreti.
Ascomyceti, posebno sitniji na grančicama, mogu sazrevati u navlaženim komorama, odn. staklenicima, i do 40 dana a da se ne pokvare. Mesnate gljive, Russulae, Boleti itd. mogu sazreti za tri dana a da se ne pokvare tolikoda bi nas smrad odbio od istraživanja.Za većinu rodova i vrsta najbitniji je podatak ipak veličina spora i njihov izgled. Za većinu rodova spore su karakterisitične, no u većem broju slučajeva i sl. u dva - tri roda, recimo u Cortinaria, Hebeloma i Inocyba, ili pak u Polyporaceaea i Boletaceaea, ili Lactaria i Russula, ili Myxomyceta i Gasteromyceta. Hyaline, bezbojne i ujedno male spore, valjkasto - eliptične, imaju mnogi rodovi posebno u porodici Tricholomataceae.
U Ascomyceta spore su toliko karakteristične da se po obliku mogu ralikovati čak i unutar istog roda.
Za Clavariaceae osnovna je podela na temelju spora: da li su igličaste, bubuljičaste ili glatke.
Inocybe se po sporama dele na one sa grbavim i na one sa negrbavim sporama, a ove druge na one sa golim i na one sa tačkasto - igličastim.
Ponekad je važan i broj spora po jednom rasplodnom organu. Na bazidijama se rađaju većinom po četiri spore, no ima vrsta sa po dve, pa i pet ili šest spora. U ascima se većinom rađa po osam spora, no ima vrsta sa po jednom do šest, ili pak šesnaest, ili trideset i dve, ili višestruko po osam, ili čak sa nebrojano mnogo spora unutar jednog asca.
Pored basidiospora i ascospora, kod nekih porodica (posebno kod Fragmobasidiomyceta i Ascomyceta) nailazimo i na bespolno nastale spore, konidije, koje nastaju raspadanjem samih hifa. Kad se kod nekih vrsta nađu oba tipa spora istovremeno, recimo uRutstroemia, treba nacrtati i izmeriti oba.
Primerci su zreli za ispitivanje kada puštaju otrusinu, a oni pak kod kojih su spore zatvorene tek kad su na preseku kroz strumu lepljivi.
I tako, od roda do roda, od vrste do vrste u mikroskopiji gljiva treba obratiti pažnju sad na jedan, sad na drugi momenat. Dok se sama tehnika mikroskopiranja može naučiti za tri dana, svi potrebni "trikovi" i doskočice da se te određene stvari izvuku na videlo uče se ceo život.